El gobierno está ejercido por:
Consejo Directivo
Lo conforman, el Decano, el Vice-Decano, el Representante Docente ante el Consejo Superior Universitario, Cinco (5) Profesores en Ejercicio de la Docencia, Un (1) Graduado no Docente; Tres (3) Estudiantes.
Al Consejo Directivo le corresponde la elección del Decano y Vice-Decano, aprobar los Planes de Estudios de la Facultad, contratar a Profesores, nacionales o extranjeros; nombrar Profesores Visitantes, Encargados de Cátedra y Auxiliares de Enseñanza y todas aquellas funciones que determina el Estatuto.
La elección de los demás miembros se efectúa en comicios convocados y presididos por el Decano. Además, el Estatuto de la UNA establece la duración de los miembros en el Consejo Directivo y es como sigue: los profesores y los graduados no docentes tres (3) años; los estudiantes, dos (2) años; con excepción del Decano y Vice-Decano, que son miembros natos, mientras dure su mandato. A continuación se presentan las principales funciones del Decano, Vice-Decano y Secretario.
El Decano:
Ostenta la representación de la Facultad y ejerce su dirección según las atribuciones y deberes establecida en los Estatutos.
El Vice Decano:
Integra el Consejo Directivo y ejerce las representaciones y funciones que el Decano le asigne.
El Secretario:
Ejerce las funciones que le asigne el Decano, es custodio de las actas y resoluciones del Consejo Directivo y de las resoluciones del Decano, cuya firma refrenda en las resoluciones, certificados de estudios y constancias académicas expedidas por la Facultad.
CONSEJO DIRECTIVO
DECANO Y PRESIDENTE
Prof. Ing. Agr. Jorge Daniel González Villalba
VICEDECANO
Prof. Ing. Agr. Juan José Bonnín Acosta
SECRETARIA DE LA FACULTAD
Abg. Patricia Bordón Salinas
MIEMBROS TITULARES
DOCENTES
Prof. Ing. For. Enrique Asterio Benítez León
Prof. Ing. Agr. Cristhian Javier Grabowski Ocampos
Prof. Ing. Agr. Jorge Daniel Caballero Mascheroni
Prof. Ing. Agr. Mónica Josefina Gavilán Jiménez
Prof. Ing. Agr. José Quinto Paredes Fernández
Prof. Ing. Agr. Cristian Andrés Britos Benítez
GRADUADOS
Ing. Agr. Ángel Manuel Benítez Rodríguez
Ing. Agr. Gerardo Rojas Almada
Ing. Agr. Humberto Ramiro Páez Campos
ESTUDIANTES
Univ. María Alexandra Perrone González
Univ. Héctor Fabián Moreno Acuña
Univ. Rodrigo Antonio Burgos Garcete
MIEMBROS SUPLENTES
DOCENTES
Prof. Ing. Agr. Juan Daniel Ávalos Añazco
Prof. Ing. Agr. María Cristina Acosta Aguilera
Prof. Ing. Agr. Rubén Alcides Franco Ibars
Prof. Ing. E.H. Samia Evelyn Tamara Romero González
Prof. Ing. Agr. Javier Ortigoza Guerreño
GRADUADOS
Ing. E.H. Alice Carolina Romero Agüero
Ing. Amb. Romy Ana María Ortiz Centurión
Lic. Patricia Montserrat Olmedo Acosta
ESTUDIANTES
Univ. Henry Miguel Gamarra Uliambre
Univ. Jazmín Guadalupe Urunaga Oddone
Univ. Alfonso Gerardo Calonga Gómez
MIEMBROS DE LA ASAMBLEA UNIVERSITARIA
MIEMBROS TITULARES
DOCENTE
Prof. Ing. Agr. Mario Milciades Romero Gavilán
GRADUADO
Ing. Agr. Víctor Manuel Miranda Ocampos
ESTUDIANTE
Univ. Enzo Nicolás Duarte Fleitas
MIEMBROS SUPLENTES
DOCENTE
Prof. Ing. E.H. Amado Insfrán Ortiz
GRADUADO
Lic. Fátima de la Cruz López de Ortiz
ESTUDIANTE
Univ. Adriana Gianinna Ramos Méndez
REPRESENTANTE ANTE EL CONSEJO SUPERIOR UNIVERSITARIO
MIEMBROS TITULARES
DOCENTE
Prof. Ing. For. Larissa Karina Rejalaga Noguera
GRADUADO
Ing. Agr. Ulises Riveros Insfrán
ESTUDIANTE
Univ. Angélica Beatriz Riveros Giménez
MIEMBROS SUPLENTES
DOCENTE
Prof. Ing. Agr. Pedro Aníbal Vera Ojeda
GRADUADO
Ing. Agr. Coral Noemí Boschert Arce
ESTUDIANTE
Univ. Benito Ortega Torres
TRIBUNAL ELECTORAL INDEPENDIENTE
MIEMBROS TITULARES
DOCENTES
Prof. Ing. Agr. Leticia Lorena León Fretes
Prof. Ing. Agr. Wilber Nelson Ortiz
GRADUADO
Ing. Agr. Fidel José Delgado Ojeda
ESTUDIANTE
Univ. Sady Marina Ovelar Rodríguez
MIEMBROS SUPLENTES
DOCENTES
Prof. Ing. Agr. Mirta Beatriz Montiel Cáceres
Prof. Ing. Agr. Pedro Domingo Cañete Aguirre
GRADUADO
Ing. Agr. Gerardo Luis Domingo Jara Isasi
ESTUDIANTE
Univ. Fernando David Giménez Ayala
DIRECTORES
DIRECCIÓN ACADÉMICA: Prof. Ing. Agr. Mario Milciades Romero Gavilán
DIRECCIÓN DE ADMINISTRACIÓN Y FINANZAS: Lic. Miguel Angel Arevalos Arevalos
DIRECCIÓN DE TALENTO HUMANO: Prof. Lic. Silvio David González Rodríquez
DIRECCIÓN DE PLANIFICACIÓN: Prof. Ing. Agr. María Gloria Cabrera Romero
DIRECCIÓN DE ADMISIÓN: Prof. Ing. Agr. Vidal Tadami Seki Nara
DIRECCIÓN DE INVESTIGACIÓN: Ing. Agr. Victoria Rossmary Santacruz
DIRECCIÓN DE POSTGRADO: Ing. Agr. Adans Agustín Colmán
DIRECCIÓN DE EXTENSIÓN UNIVERSITARIA: Prof. Ing. Agr. Estela Mari Cabello Cardozo
CARRERA DE INGENIERÍA AGRONÓMICA: Prof. Ing. Agr. Cipriano Ramón Enciso Garay
CARRERA DE INGENIERÍA FORESTAL: Prof. Ing. For. Mirtha Lucía Vera de Ortiz
CARRERA DE INGENIERÍA EN ECOLOGÍA HUMANA: Ing. E.H. Dionisia Carballo Vera
CARRERA DE LICENCIATURA EN ADMINISTRACIÓN AGROPECUARIA: Prof. Ing. Agr. José Alberto Ruiz Olazar
CARRERA DE INGENIERÍA AMBIENTAL: Prof. Ing. Amb. Osvaldo David Frutos González
CARRERA DE INGENIERÍA AGROALIMENTARIA: Ing. E.H. Claudio Antonio Moreno Gavilán
FILIAL PEDRO JUAN CABALLERO: Prof. Ing. Agr. Ramón Martínez Ojeda
FILIAL DE SAN PEDRO DE YCUAMANDYYÚ: Prof. Ing. Agr. Julia Susana Alfonzo Fischer
FILIAL DE CAAZAPÁ: Prof. Ing. Agr. Daniel Antonio Cardozo González
FILIAL SANTA ROSA – MISIONES: Prof. Ing. Agr. Blás Gregorio Alviso Lesme
COORDINADOR CLAA - SECCIÓN CHACO: : Prof. Ing. Agr. Antero José Nicolás Cabrera Cardús